El Rectorado es la máxima autoridad ejecutiva del gobierno universitario. Ejerce la representación legal de la institución y es el órgano de comunicación y enlace con las autoridades ministeriales de la República Bolivariana de Venezuela y responsable de la ejecución de las políticas educativas nacionales establecidas por el Estado venezolano, en cumplimiento de la Ley de Universidades y su Reglamento, de las disposiciones emanadas del Consejo Nacional de Universidades, de las emitidas por el Consejo Superior y las establecidas en el Reglamento demás normativas internas de la Universidad Yacambú.

En concordancia con el Manual de Organización de la UNY del año 2009, las gestiones de esta unidad, dirigida por la Dra. Iraida León de Cabrera, rectora de esta casa de estudios desde el 11 de enero de 2010, están referidas esencialmente a la orientación en la ejecución del Plan Estratégico de Desarrollo Institucional, acompañado de la promoción del proceso continuo de mejoramiento de la calidad de la educación en todas las instancias de la Universidad Yacambú, a través del desarrollo de los lineamientos, planes y programas establecidos en el Plan Operativo anual y la ejecución de las disposiciones emanadas por del Consejo Superior.

Las unidades orgánicas subordinadas al Rectorado tal y como lo establece el mencionado Manual de Organización de la UNY del año 2009 son:

Secretaría General

Vicerrectorado Administrativo.

Vicerrectorado de Investigación y Postgrado.

Vicerrectorado de Estudios a Distancia.

Vicerrectorado del Núcleo Portuguesa.

Dirección de Orientación y  Bienestar Estudiantil.

Coordinación de Relaciones Interinstitucionales.

Coordinación de Comunicación Social.